MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactobacillus reuteri I5007 plasmid pLRI02

Total Repeats: 316

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021495	AATCA	2	10	7	16	60 %	20 %	0 %	20 %	512593097
2	NC_021495	ATG	2	6	35	40	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593097
3	NC_021495	ATC	2	6	203	208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593097
4	NC_021495	ATG	2	6	236	241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593097
5	NC_021495	A	7	7	380	386	100 %	0 %	0 %	0 %	512593097
6	NC_021495	A	7	7	424	430	100 %	0 %	0 %	0 %	512593097
7	NC_021495	A	7	7	497	503	100 %	0 %	0 %	0 %	512593097
8	NC_021495	A	6	6	555	560	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021495	CTG	2	6	648	653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512593098
10	NC_021495	CCA	2	6	726	731	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512593098
11	NC_021495	GCG	2	6	832	837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512593098
12	NC_021495	GC	3	6	886	891	0 %	0 %	50 %	50 %	512593098
13	NC_021495	TGT	2	6	935	940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512593098
14	NC_021495	TAC	2	6	972	977	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593098
15	NC_021495	CG	3	6	983	988	0 %	0 %	50 %	50 %	512593098
16	NC_021495	CCTT	2	8	989	996	0 %	50 %	0 %	50 %	512593098
17	NC_021495	GTCA	2	8	1029	1036	25 %	25 %	25 %	25 %	512593098
18	NC_021495	CTT	3	9	1125	1133	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593098
19	NC_021495	CGT	2	6	1227	1232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512593098
20	NC_021495	TTCCAA	2	12	1269	1280	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593098
21	NC_021495	TCA	3	9	1306	1314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_021495	GTA	2	6	1344	1349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021495	C	6	6	1395	1400	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
24	NC_021495	TGA	2	6	1421	1426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593099
25	NC_021495	TTG	2	6	1428	1433	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512593099
26	NC_021495	GAA	2	6	1437	1442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593099
27	NC_021495	T	7	7	1475	1481	0 %	100 %	0 %	0 %	512593099
28	NC_021495	CGA	2	6	1590	1595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512593099
29	NC_021495	CCAT	2	8	1643	1650	25 %	25 %	0 %	50 %	512593099
30	NC_021495	TTA	2	6	1677	1682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593099
31	NC_021495	TTC	2	6	1739	1744	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593099
32	NC_021495	AGT	2	6	1748	1753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593099
33	NC_021495	AAT	2	6	1875	1880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593099
34	NC_021495	TA	3	6	1990	1995	50 %	50 %	0 %	0 %	512593099
35	NC_021495	CCT	2	6	2071	2076	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	512593099
36	NC_021495	AT	3	6	2080	2085	50 %	50 %	0 %	0 %	512593099
37	NC_021495	A	6	6	2126	2131	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021495	T	8	8	2207	2214	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021495	TC	3	6	2277	2282	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_021495	AGT	2	6	2366	2371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021495	TAT	2	6	2373	2378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021495	CT	4	8	2421	2428	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_021495	CTT	2	6	2484	2489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021495	CAG	2	6	2497	2502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021495	TTTTC	2	10	2567	2576	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021495	TAT	2	6	2615	2620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021495	TTA	2	6	2681	2686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593100
48	NC_021495	CG	3	6	2700	2705	0 %	0 %	50 %	50 %	512593100
49	NC_021495	CAA	2	6	2734	2739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512593100
50	NC_021495	A	6	6	2754	2759	100 %	0 %	0 %	0 %	512593100
51	NC_021495	TGA	2	6	2766	2771	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593100
52	NC_021495	ATA	2	6	2774	2779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593100
53	NC_021495	TAA	2	6	2835	2840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593100
54	NC_021495	GTT	2	6	2863	2868	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512593100
55	NC_021495	ACTT	2	8	2927	2934	25 %	50 %	0 %	25 %	512593100
56	NC_021495	CAA	2	6	2979	2984	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512593100
57	NC_021495	TAAG	2	8	3164	3171	50 %	25 %	25 %	0 %	512593100
58	NC_021495	GTGA	2	8	3208	3215	25 %	25 %	50 %	0 %	512593100
59	NC_021495	CAA	2	6	3256	3261	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512593100
60	NC_021495	TATG	2	8	3270	3277	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021495	TAT	2	6	3290	3295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021495	ATAA	2	8	3351	3358	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021495	A	6	6	3485	3490	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021495	CAA	2	6	3495	3500	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_021495	A	6	6	3624	3629	100 %	0 %	0 %	0 %	512593101
66	NC_021495	CAAGA	2	10	3716	3725	60 %	0 %	20 %	20 %	512593101
67	NC_021495	A	6	6	3777	3782	100 %	0 %	0 %	0 %	512593101
68	NC_021495	GGT	2	6	3787	3792	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512593101
69	NC_021495	AAG	2	6	3798	3803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593101
70	NC_021495	A	7	7	3909	3915	100 %	0 %	0 %	0 %	512593101
71	NC_021495	AGTA	2	8	3924	3931	50 %	25 %	25 %	0 %	512593101
72	NC_021495	A	6	6	3933	3938	100 %	0 %	0 %	0 %	512593101
73	NC_021495	CTTT	2	8	3992	3999	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_021495	TTA	2	6	4019	4024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021495	T	7	7	4056	4062	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021495	CG	3	6	4071	4076	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_021495	T	6	6	4095	4100	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021495	TG	3	6	4106	4111	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021495	TGG	2	6	4162	4167	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021495	TATT	2	8	4206	4213	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021495	ATA	2	6	4262	4267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021495	AT	4	8	4273	4280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021495	GGA	2	6	4295	4300	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021495	ATT	2	6	4321	4326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
85	NC_021495	TGGTG	2	10	4329	4338	0 %	40 %	60 %	0 %	512593102
86	NC_021495	TTA	2	6	4363	4368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
87	NC_021495	T	8	8	4382	4389	0 %	100 %	0 %	0 %	512593102
88	NC_021495	TA	3	6	4426	4431	50 %	50 %	0 %	0 %	512593102
89	NC_021495	TTAG	2	8	4462	4469	25 %	50 %	25 %	0 %	512593102
90	NC_021495	ATT	2	6	4512	4517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
91	NC_021495	AAT	2	6	4530	4535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593102
92	NC_021495	A	6	6	4586	4591	100 %	0 %	0 %	0 %	512593102
93	NC_021495	AAT	2	6	4624	4629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593102
94	NC_021495	ATT	2	6	4686	4691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
95	NC_021495	TTA	2	6	4703	4708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
96	NC_021495	TTA	2	6	4726	4731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
97	NC_021495	TTA	2	6	4765	4770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593102
98	NC_021495	TGG	2	6	4866	4871	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512593102
99	NC_021495	TTAAT	2	10	4910	4919	40 %	60 %	0 %	0 %	512593102
100	NC_021495	ATA	2	6	4923	4928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593102
101	NC_021495	AT	3	6	5140	5145	50 %	50 %	0 %	0 %	512593103
102	NC_021495	GTA	2	6	5154	5159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593103
103	NC_021495	TCA	2	6	5173	5178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593103
104	NC_021495	ATG	2	6	5193	5198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593103
105	NC_021495	A	7	7	5217	5223	100 %	0 %	0 %	0 %	512593103
106	NC_021495	TAC	2	6	5237	5242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593103
107	NC_021495	GAT	3	9	5252	5260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593103
108	NC_021495	A	7	7	5264	5270	100 %	0 %	0 %	0 %	512593103
109	NC_021495	AAG	2	6	5315	5320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021495	TA	3	6	5370	5375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021495	CTA	2	6	5381	5386	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_021495	CTAA	2	8	5410	5417	50 %	25 %	0 %	25 %	512593104
113	NC_021495	TCA	2	6	5428	5433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593104
114	NC_021495	GT	3	6	5466	5471	0 %	50 %	50 %	0 %	512593104
115	NC_021495	GGA	2	6	5524	5529	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512593104
116	NC_021495	AAT	2	6	5591	5596	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593104
117	NC_021495	TAA	2	6	5724	5729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593104
118	NC_021495	A	6	6	5779	5784	100 %	0 %	0 %	0 %	512593104
119	NC_021495	T	7	7	5789	5795	0 %	100 %	0 %	0 %	512593104
120	NC_021495	TAAT	2	8	5798	5805	50 %	50 %	0 %	0 %	512593104
121	NC_021495	CAT	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593105
122	NC_021495	GAA	2	6	6029	6034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593105
123	NC_021495	ATAA	2	8	6263	6270	75 %	25 %	0 %	0 %	512593105
124	NC_021495	TAA	2	6	6346	6351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593105
125	NC_021495	A	6	6	6373	6378	100 %	0 %	0 %	0 %	512593105
126	NC_021495	CTA	2	6	6403	6408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593105
127	NC_021495	CGG	2	6	6412	6417	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512593105
128	NC_021495	ATT	2	6	6425	6430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593105
129	NC_021495	AGCT	2	8	6437	6444	25 %	25 %	25 %	25 %	512593105
130	NC_021495	ATG	2	6	6531	6536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512593105
131	NC_021495	AAT	2	6	6552	6557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512593105
132	NC_021495	AGTT	2	8	6590	6597	25 %	50 %	25 %	0 %	512593105
133	NC_021495	T	6	6	6625	6630	0 %	100 %	0 %	0 %	512593105
134	NC_021495	ATTAAG	2	12	6663	6674	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	512593105
135	NC_021495	AAGG	2	8	6732	6739	50 %	0 %	50 %	0 %	512593105
136	NC_021495	AAAT	2	8	6742	6749	75 %	25 %	0 %	0 %	512593105
137	NC_021495	TTC	2	6	6819	6824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593105
138	NC_021495	CTT	2	6	6827	6832	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593105
139	NC_021495	TCC	2	6	6843	6848	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_021495	ATAG	2	8	6852	6859	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021495	CTAT	2	8	6860	6867	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021495	A	7	7	6878	6884	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021495	T	6	6	6898	6903	0 %	100 %	0 %	0 %	512593106
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149	NC_021495	TC	3	6	7116	7121	0 %	50 %	0 %	50 %	512593106
150	NC_021495	T	6	6	7278	7283	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021495	AAGC	2	8	7316	7323	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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153	NC_021495	GAA	2	6	7423	7428	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_021495	GAA	2	6	7445	7450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593107
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186	NC_021495	GTT	2	6	9102	9107	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512593109
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242	NC_021495	A	6	6	11424	11429	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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262	NC_021495	TTC	2	6	12540	12545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593112
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264	NC_021495	AACCT	2	10	12658	12667	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
265	NC_021495	AACTT	2	10	12705	12714	40 %	40 %	0 %	20 %	512593113
266	NC_021495	T	6	6	12724	12729	0 %	100 %	0 %	0 %	512593113
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270	NC_021495	ATT	2	6	12909	12914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593113
271	NC_021495	T	7	7	13066	13072	0 %	100 %	0 %	0 %	512593113
272	NC_021495	CAT	2	6	13105	13110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512593113
273	NC_021495	TCAC	2	8	13146	13153	25 %	25 %	0 %	50 %	512593113
274	NC_021495	GCG	2	6	13196	13201	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
275	NC_021495	GGA	2	6	13243	13248	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
276	NC_021495	T	6	6	13291	13296	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
277	NC_021495	ATTT	2	8	13349	13356	25 %	75 %	0 %	0 %	512593114
278	NC_021495	CAA	2	6	13452	13457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512593114
279	NC_021495	GATAAA	2	12	13476	13487	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	512593114
280	NC_021495	ATT	2	6	13534	13539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512593114
281	NC_021495	AAG	2	6	13567	13572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512593114
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284	NC_021495	CAAAA	2	10	13695	13704	80 %	0 %	0 %	20 %	512593114
285	NC_021495	TACT	2	8	13718	13725	25 %	50 %	0 %	25 %	512593114
286	NC_021495	T	6	6	13732	13737	0 %	100 %	0 %	0 %	512593114
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288	NC_021495	TTTA	2	8	13783	13790	25 %	75 %	0 %	0 %	512593114
289	NC_021495	C	6	6	13889	13894	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
290	NC_021495	TAA	2	6	13913	13918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_021495	A	6	6	13917	13922	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_021495	AATA	2	8	13983	13990	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_021495	CGTT	2	8	14060	14067	0 %	50 %	25 %	25 %	512593115
294	NC_021495	CATT	2	8	14081	14088	25 %	50 %	0 %	25 %	512593115
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311	NC_021495	TTC	2	6	15328	15333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512593115
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313	NC_021495	ATTA	2	8	15448	15455	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_021495	T	7	7	15497	15503	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_021495	ATA	2	6	15537	15542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
316	NC_021495	AGG	2	6	15566	15571	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.